保护层与隔离层的含意不一样，搞清楚了作用和含意自然知道如何设置了。
1、防水层的保护层有包含了二层意思。一是防水层上面如果有其他构造层的施工时，由于施工过程可能对防水造成破坏损伤，所以需要做保护层;二是屋面的功能是上人或种植时，人员的活动可能对防水造成破坏，需要做保护层。
2、隔离层的作用也分二种。一是防止二种材料间发生不利的化学作用(不相容)，用隔离层作界面分开，如PVC卷材与聚苯乙烯泡沫塑料保温板之间，由于卷材中的塑化剂会迁移，直接接触会对苯板产生熔融破坏;二是卷材面上的刚性层，可能因热胀冷缩变形牵动防水层，在刚性层分仓缝变形较大部位，会因疲劳破坏或拉伸过大而破坏防水层，此时需要设置隔离层。 压铺法工艺施工的防水卷材与卵石压铺材料间，需要设置土工布隔离层。
3、不是所有的防水层与保护层之间都需要隔离层。不上人屋用水泥砂浆作保护层时，水泥砂浆可能直接抹在防水面上;采用柔性保护材料(热反射涂料等)或者保温层时，不需要隔离层。
